16 июня 2023 года в Костроме под председательством протоиерея Николая Несмелова состоялся церковный суд по делу священника Иоанна Бурдина. Об этом написал журналист и церковно-общественный деятель Сергей Чапнин.

Иеромонах Никон (Касярум), секретарь суда, озвучил три пункта обвинения:
1) отрицание святости и спасительных сил реальной исторической Поместной Церкви (Русской Православной Церкви), как следствие, отрицание единства со Святой Кафолической Христовой Церковью (Мф. 16:18);
2) неприятие соборного действия Церкви по канонизации святых и сомнение в святости некоторых святых (святой блаженной Матроны Московской, святого благоверного князя Димитрия Донского и др.), пользующихся всеобщим почитанием;
3) деятельность, сеющая недоверие к Церкви в среде верующих, и как следствие, направленная на отторжение верующих от Христовой Церкви.

По словам Чапнина, церковный суд «предложил архиерею вынести минимальное по нынешним временам наказание — запретить отца Иоанна в служении до «принесения покаяния».