Митрополит Андрей активно підтримав створення в австро-угорській армії українських військових підрозділів – так званих «січових стрільців», яких Шептицький закликав до виконання військового обов`язку в ім`я габсбургської Австро-Угорщини.

Після початку Першої світової війни Шептицький 21 серпня 1914 року звернувся до своєї пастви з посланням, якому було притаманне вороже відношення як до Росії, так і до Православної Церкви, а з другої сторони – лояльне ставлення до влади імперії Габсбургів:

«Весьма важное, дорогие, время. Происходит война между нашим императором и царем Москвы. Войну ведут за нас, ибо московский царь не мог стерпеть того, что в австрийском государстве у нас есть свобода веры и народности; он хочет вырвать эту свободу, заковав в цепи. В нашем войске сотни тысяч наших детей, верных своему императору, идут в бой за нашу судьбу. Идут в бой за святую нашу веру, защищают святость семейных очагов, защищают от врага добро, ваши села и ваши хаты.

Наше войско побеждает, но лютый враг не спит. Не может он одолеть нашей силы силою оружия и взялся за другие способы: хитростью, ложью, предательством хочет он побудить к измене наших бедных людей. Волк одевается в овечью шкуру. Враг притворяется другом и льстивыми словами, как рыбу на удочку, хочет положить темных и сбитых с толку. Несчастный, послушавший его, впадает в темную бездну измены. Враг разбрасывает по краю лживое писание, в котором, злоупотребляя святыми словами и молитвами, прикидыващийся монахом еретик смеет Божьим именем разрешать наших людей от присяги на верность нашему императору. Откуда бы он имел такое право? Какая бессовестная ложь и святотатство приписывать себе Божьи права. Такое злостное святотатство может предлагать нашему народу только лютый враг. Присяга и верность свято обязывает по Божьей воле и Божьему закону.

Именем Божиим, как ваш митрополит и пастырь душ, заклинаю вас: не принимайте иудина совета, не слушайте  тех, что хотят заковать вас в цепи; не слушайте голоса лживых безбожников, которые смеют подговаривать вас к измене императору, Отечеству, вере.

Изменною же была бы всякая помощь, оказанная врагам или изменникам, а измена – преступление, вызывающее страшную кару от Бога и людей. Да хранит вас Всевышний Бог от всякого шага, которым вы помогали бы вражьим войскам, или вредили своим, или прикрывали измену и помогали изменникам. Сохраняйте спокойствие… Мы Божьею волей связаны с австрийским государством и династией Габсбургов; счастье и несчастье у нас общее; когда войско нашего императора победит, а по Божьей милости оно победит, нас ожидает более светлая и лучшая будущность. До крови будьте верными императору. Будьте верными детям нашего славного народа. Будьте верными святой нашей прадедовской Церкви. А в тяжкие годины страдания и жертвы да будет Божие благословение и Божья любовь с вами: во имя Отца и Сына и Св. Духа. Аминь».

Однак в світлі такого різкого ставлення до протилежної сторони, митрополит Андрей не був цілком впевнений в перемозі Габсбургів і Гогенцоллернів. Бажаючи застрахувати себе на випадок поразки австро-німецьких військ, Шептицький ще в березні 1914 року направив російському імператору Миколаю ІІ таємне послання, в якому він завіряв правителя у своїй вірності і називав його «объединителем славянства». При цьому своє послання Шептицький підписав досить красномовним титулом: «Православно-Католический Галицко-Русский митрополит».

Російська армія стрімко наступала, і вже 3 вересня 1914 року війська вступили у Львів. Безумовно, що командуванню стало відомо про антиросійську агітацію, яку проводив Шептицький. Зокрема, в уніатських храмах був знайдений текст послання уніатського митрополита до пастви, оригінал і переклад якого були направлені міністру закордонних справ Росії Сазонову. 19 вересня 1914 року митрополит Андрей був висланий в Росію. Глава Російської місії при Святому Престолі Нелідов зазначав, що «митрополит Шептицкий был удален не как митрополит, а как политический агитатор».

У листі до Бока Сазонов повідомляв: «Шептицкий издавна ведет направленную против России пропаганду совершенно политического характера. Как Ватикану известно, он уже несколько лет тому назад приезжал в Россию переодетым и с подложными документами для агитации на политической основе и тогда, только из уважения к Папе и нежелания создать неприятный для Св. Престола инцидент, Императорское правительство решило закрыть глаза и дать Шептицкому возможность выехать из России, не арестовывая его.

С тех пор деятельность Шептицкого, направленна к развитию украинофильского движения с целью внести раскол в единство русского народа и подготовить отторжение юго-западной России, неустанно продолжалась.

По вступлении наших войск в Галицию были найдены в церкви окружные послания и воззвания митрополита Шептицкого, призывавшего свою паству к беспощадной борьбе против русских. Подлинники подобных воззваний были доставлены и в Министерство иностранных дел.

Все вышеизложенное доказывает, что деяния, в которых обвиняется Шептицкий, имеют чисто политический, а не вероисповедный характер. При таких обстоятельствах Императорское правительство оказалось вынужденным пресечь вредную политическую деятельность Шептицкого, выдворив его в Курск, куда он был доставлен, и где он содержится в условиях вполне подобающих. Что касается дальнейшей его судьбы, то ныне обсуждение этого вопроса представляется преждевременным, так как до конца войны правительство, во всяком случае, обязано оградить себя от возможного возобновления вредной деятельности Шептицкого на новой почве в той или иной форме. Все вышеизложенное можете сообщить Курии…».

Навіть сам папа Бенедикт ХV був змушений признати, що Сазонов «обладает достаточно вескими доказательствами политической виновности митрополита, если допустил его удаление внутрь России».

Доставлений зі Львова у Київ митрополит Андрей направив лист імператору Миколаю ІІ, зміст якого знову різко відрізняється від попередніх заяв, які Шептицький раніше коментував як австро-угорський сенатор і глава уніатської Церкви. Лист написаний з приводу «успехов российской армии и воссоединения Галичины с Россией, за что трехмиллионное население Галичины с радостью приветствует российских солдат, как своих братьев…». В листі Шептицький підкреслював: «…православно-католический митрополит Галицкий и Львовский, от многих лет желающий и готовый ежедневно жертвовать свою жизнь за благо и спасение Святой Руси и Вашего Императорского Величества, повергает к ногам Вашего Императорского Величества сердечнейшие благопожелания и радостный привет по случаю завершающегося объединения остальных частей Русской Земли».

Миколай ІІ насправді був повідомлений в антиросійській позиції Шептицького, на полях листа митрополита Андрея він написав лаконічну відозву: «Аспид!». Пізніше російський імператор був ознайомлений зі змістом секретної інструкції, підготовленої Шептицьким для австро-угорських чиновників, чернетка якої була знайдена в сейфі-тайнику під Свято-Юр`ївським собором у Львові у лютому 1915 року. 27 липня 1916 року міністр внутрішніх справ Штюрмер направив Миколаю ІІ рапорт, в якому описувалася дана знахідка і її відповідний зміст. У зв`язку з цим правитель опублікував ще одну свою резолюцію в адрес уніатського ієрарха: «Какой мерзавец!».

Навіть в період свого перебування на території Російської імперії в роки Першої світової війни Шептицький вів пропаганду уніатства, а свободою, отриманою після Лютневої революції 1917 року, митрополит Андрей скористався для організації в Росії греко-католицького екзархату.

Газета «Слово истины» так писала про це: «В последних числах мая месяца в Петрограде происходил ряд совещаний российского православно-католического духовенства об устройстве Русской Кафолической Церкви греко-российского обряда. 31 мая состоялось под председательством Высокопреосвященнейшего Андрея торжественное заседание православно-кафолического Собора, который и принял выработанные совещаниями постановления, регулирующие конституцию Православно-Кафолической Церкви в России, ее богослужение, поведение клира, печатание книг и т.д. Была оглашена грамота (на славянском и латинских языках) об учреждении особого Экзархата, причем в сан экзарха возведен протопресвитер о. Леонид Федоров. Его юрисдикция будет простираться на всю Россию, за исключением Украины и Белоруссии в их этнографических границах. На Соборе присутствовали Преосвященные: виленский Эдуард Ропп и управляющий латинской митрополиею Иоанн Цепляк, и другие видные представители церкви и церковные деятели…».