Митрополит Андрей активно поддержал создание в австро-венгерской армии украинских военных подразделений – так называемых «сечевых стрельцов», которых Шептицкий призывал к исполнению воинского долга во имя габсбургской Австро-Венгрии.

После начала Первой мировой войны Шептицкий 21 августа 1914 года обратился к своей пастве с посланием, которому было свойственно враждебное отношение как к России, так и к Православной Церкви, а с другой стороны – лояльное отношение к власти империи Габсбургов.

«Весьма важное, дорогие, время. Происходит война между нашим императором и царем Москвы. Войну ведут за нас, ибо московский царь не мог стерпеть того, что в австрийском государстве у нас есть свобода веры и народности; он хочет вырвать эту свободу, заковав в цепи. В нашем войске сотни тысяч наших детей, верных своему императору, идут в бой за нашу судьбу. Идут в бой за святую нашу веру, защищают святость семейных очагов, защищают от врага добро, ваши села и ваши хаты.

Наше войско побеждает, но лютый враг не спит. Не может он одолеть нашей силы силою оружия и взялся за другие способы: хитростью, ложью, предательством хочет он побудить к измене наших бедных людей. Волк одевается в овечью шкуру. Враг притворяется другом и льстивыми словами, как рыбу на удочку, хочет положить темных и сбитых с толку. Несчастный, послушавший его, впадает в темную бездну измены. Враг разбрасывает по краю лживое писание, в котором, злоупотребляя святыми словами и молитвами, прикидыващийся монахом еретик смеет Божьим именем разрешать наших людей от присяги на верность нашему императору. Откуда бы он имел такое право? Какая бессовестная ложь и святотатство приписывать себе Божьи права. Такое злостное святотатство может предлагать нашему народу только лютый враг. Присяга и верность свято обязывает по Божьей воле и Божьему закону.

Именем Божиим, как ваш митрополит и пастырь душ, заклинаю вас: не принимайте иудина совета, не слушайте  тех, что хотят заковать вас в цепи; не слушайте голоса лживых безбожников, которые смеют подговаривать вас к измене императору, Отечеству, вере.

Изменною же была бы всякая помощь, оказанная врагам или изменникам, а измена – преступление, вызывающее страшную кару от Бога и людей. Да хранит вас Всевышний Бог от всякого шага, которым вы помогали бы вражьим войскам, или вредили своим, или прикрывали измену и помогали изменникам. Сохраняйте спокойствие… Мы Божьею волей связаны с австрийским государством и династией Габсбургов; счастье и несчастье у нас общее; когда войско нашего императора победит, а по Божьей милости оно победит, нас ожидает более светлая и лучшая будущность. До крови будьте верными императору. Будьте верными детям нашего славного народа. Будьте верными святой нашей прадедовской Церкви. А в тяжкие годины страдания и жертвы да будет Божие благословение и Божья любовь с вами: во имя Отца и Сына и Св. Духа. Аминь».

Однако в свете такого резкого отношения к противоположной стороне, митрополит Андрей не был полностью уверен в победе Габсбургов и Гогенцоллернов. Желая застраховать себя на случай поражения австро-немецких войск, Шептицкий еще в марте 1914 года направил российскому императору Николаю II тайное послание, в котором он заверял правителя в своей верности и называл его «объединителем славянства». При этом свое послание Шептицкий подписал довольно красноречивым титулом: «Православно-Католический Галицко-Русский митрополит».

Русская армия стремительно наступала, и уже 3 сентября 1914 года войска вступили во Львов. Безусловно, что командованию стало известно об антироссийской агитации, которую проводил Шептицкий. В частности, в униатских храмах был найден текст послания униатского митрополита к пастве, оригинал и перевод которого были направлены министру иностранных дел России Сазонову. 19 сентября 1914 года митрополит Андрей был выслан в Россию. Глава Русской миссии при Святом Престоле Нелидов отмечал, что «митрополит Шептицкий был удален не как митрополит, а как политический агитатор».

В письме к Боку Сазонов сообщал: «Шептицкий издавна ведет направленную против России пропаганду совершенно политического характера. Как Ватикану известно, он уже несколько лет тому назад приезжал в Россию переодетым и с подложными документами для агитации на политической основе и тогда, только из уважения к Папе и нежелания создать неприятный для Св. Престола инцидент, Императорское правительство решило закрыть глаза и дать Шептицкому возможность выехать из России, не арестовывая его.

С тех пор деятельность Шептицкого, направленна к развитию украинофильского движения с целью внести раскол в единство русского народа и подготовить отторжение юго-западной России, неустанно продолжалась.

По вступлении наших войск в Галицию были найдены в церкви окружные послания и воззвания митрополита Шептицкого, призывавшего свою паству к беспощадной борьбе против русских. Подлинники подобных воззваний были доставлены и в Министерство иностранных дел.

Все вышеизложенное доказывает, что деяния, в которых обвиняется Шептицкий, имеют чисто политический, а не вероисповедный характер. При таких обстоятельствах Императорское правительство оказалось вынужденным пресечь вредную политическую деятельность Шептицкого, выдворив его в Курск, куда он был доставлен, и где он содержится в условиях вполне подобающих. Что касается дальнейшей его судьбы, то ныне обсуждение этого вопроса представляется преждевременным, так как до конца войны правительство, во всяком случае, обязано оградить себя от возможного возобновления вредной деятельности Шептицкого на новой почве в той или иной форме. Все вышеизложенное можете сообщить Курии…».

Даже сам папа Бенедикт ХV был вынужден признать, что Сазонов «обладает достаточно вескими доказательствами политической виновности митрополита, если допустил его удаление внутрь России».

Доставленный из Львова в Киев митрополит Андрей направил письмо императору Николаю II, содержание которого снова резко отличается от предыдущих заявлений, который Шептицкий ранее комментировал как австро-венгерский сенатор и глава униатской Церкви. Письмо написано по поводу «успехов российской армии и воссоединения Галичины с Россией, за что трехмиллионное население Галичины с радостью приветствует российских солдат, как своих братьев…». В письме Шептицкий подчеркивал: «…православно-католический митрополит Галицкий и Львовский, от многих лет желающий и готовый ежедневно жертвовать свою жизнь за благо и спасение Святой Руси и Вашего Императорского Величества, повергает к ногам Вашего Императорского Величества сердечнейшие благопожелания и радостный привет по случаю завершающегося объединения остальных частей Русской Земли».

Николай II действительно был осведомлен об антироссийской позиции Шептицкого, на полях письма митрополита Андрея он написал лаконический отзыв: «Аспид!». Позже российский император был ознакомлен с содержанием секретной инструкции, подготовленной Шептицким для австро-венгерских чиновников, черновик которой был найден в сейфе-тайнике под Свято-Юрьевским собором во Львове в феврале 1915 года. 27 июля 1916 года министр внутренних дел Штюрмер направил Николаю II рапорт, в котором описывалась данная находка и ее соответствующее содержание. В связи с этим правитель опубликовал еще одну свою резолюцию в адрес униатского иерарха: «Какой мерзавец!».

Даже в период своего пребывания на территории Российской империи в годы Первой мировой войны Шептицкий вел пропаганду униатства, а свободой, полученной после Февральской революции 1917 года, митрополит Андрей воспользовался для организации в России греко-католического экзархата.

Газета «Слово истины» так писала об этом: «В последних числах мая месяца в Петрограде происходил ряд совещаний российского православно-католического духовенства об устройстве Русской Кафолической Церкви греко-российского обряда. 31 мая состоялось под председательством Высокопреосвященнейшего Андрея торжественное заседание православно-кафолического Собора, который и принял выработанные совещаниями постановления, регулирующие конституцию Православно-Кафолической Церкви в России, ее богослужение, поведение клира, печатание книг и т.д. Была оглашена грамота (на славянском и латинских языках) об учреждении особого Экзархата, причем в сан экзарха возведен протопресвитер о. Леонид Федоров. Его юрисдикция будет простираться на всю Россию, за исключением Украины и Белоруссии в их этнографических границах. На Соборе присутствовали Преосвященные: виленский Эдуард Ропп и управляющий латинской митрополиею Иоанн Цепляк, и другие видные представители церкви и церковные деятели…».