Имея целью закрепить за собой приоритет в миссионерской деятельности на территории России, Шептицкий попытался найти для этого канонические основания. В качестве отправной точки он выбрал свой титул епископа Каменец-Подольского. Поскольку уже существующая к тому времени де-факто на территории Российской империи униатская Каменецкая епархия де-юре все же числилась в составе Греко-Католической Церкви и была связана канонически с Львовской архиепископией и Галицкой митрополией, потому владыка Андрей считал возможным заняться духовной опекой российских греко-католиков. Кроме того, как первоиерарх униатской Церкви, ведущей свой отсчет от Брестской унии 1596 года, Шептицкий считал возможным считать себя администратором всех униатских епархий, которые находились на территории Речи Посполитой и прекратили свое существование после вхождения в состав Российской империи. Также владыка Андрей считал себя полностью компетентным принимать в свою юрисдикцию всех, кто переходит в католицизм восточного обряда на территории России.

В феврале 1907 года Шептицкий изложил папе Пию Х свой проект униатской миссии в России. Митрополит Андрей, как и раньше, предлагал прежде всего действовать максимально секретно, так, чтобы ничего не было известно даже Государственному секретарю Ватикана и латинским епископам в России. Это решение владыка объяснял опасностью компрометации католицизма в глазах Российской тогдашней власти. Однако в реальности, как можно утверждать, владыка Андрей имел другие цели: под этим дивизом он хотел полностью монополизировать свое право на миссию в Россию и отстранить от прозелитической деятельности римо-католиков или хотя бы конкурировать с ними на равных. Папа, конечно, не рискнул официально утвердить полномочия Шептицкого на такую ​​деятельность в России, однако униатский первоиерарх получил от Пия Х устное разрешение «Utere jure tuo» («Пользуйся своим правом»). Это позволяло владыке Андрею действовать без ведома Римской курии, не ставя во внимание даже госсекретаря Ватикана кардинала Мерри.

Получив от папы подтверждение своих полномочий, глава Греко-Католической Церкви Галичины начал организационно-каноническое оформление российской униатской миссии. Прежде всего владыка Андрей назначил отца Зерчанинова своим наместником в Каменецкая епархии, поручив ему греко-католиков по всей России. Также митрополит предлагал Зерчанинову устроить свое управление в Петербурге.

14 февраля 1908 года митрополит снова был принят папой Пием Х в Риме. Во время аудиенции Шептицкий получил подтверждение своих полномочий и письменное заверение понтифика со следующими словами: «Cuncta vidimus et approbamus fausta quaeque et salutaria Venerabili Archiepiscopo eiusque vicario in spiritualibus Generali et cunctis fidelibus et populo cum Apostolica Benedictione a Domino adprecantes» («Мы все пересмотрели и одобряем. Мы испрашиваем у Господа всякого спасительного благоденствия досточтимому архиепископа, Его Генеральному викария по духовным делам, всем верующим, клира и народа и преподаю им Апостольское блогословение»). Этой резолюцией папа подтверждал полномочия митрополита Андрея Шептицкого как примаса греко-католиков Российской империи.

Однако владыка не остановился на достигнутом. Он, имея консультации с генералом ордена иезуитов Францем Ксавером, который посоветовал ему просить у папы больших полномочий – вроде тех, которыми располагает Маронитский патриарх в составе Католической Церкви (его полномочия наиболее обширные среди всех униатских патриархов), стремился достичь большего. Вся разница только в том, что примас униатов России должен называться «экзархом», а не «патриархом», чтобы не вызвать негативной реакции у православных. Но в данной ситуации была одна достаточно важная поправка – при воссоединении Русской Православной Церкви с Римом экзарх должен уступить свое место и права униатскому «Патриарху всея Руси».

22 февраля 1908 года Пий Х имел еще одну аудиенцию с владыкой Андреем, во время которой униатский митрополит просил у Папы Римского разрешения посвятить от имени понтифика Святейшему Сердцу Иисуса епархии, которые в будущем должны были соединиться с Римом, и всю Россию в целом. После этого он просил даровать ему права, которыми обладает Маронитский патриарх, даже самому, без разрешения Ватикана, посвящать униатских епископов для России. Папа Пий Х подписал соответствующие просьбы владыки резолюцией «Placet» («Угодно»), и давая ему этот документ, сказал: «Это – каноническая форма, к которой прибегают в самых серьезных и торжественных вопросах Церкви».

Также владыка получил от папы Пия Х дополнительные обширные полномочия для миссионерской деятельности, аналогичные тем, которые Ватикан придавал своим делегатам в Америке. Показательно, что в просьбе на имя папы о даровании ему этих полномочий Андрей Шептицкий назвал себя: «… смиренный митрополит Галицкий, администратор митрополии Киевской и всея Руси, а также архиепархий Владимирской, Полоцкой, Смоленской, также епархии Луцкой с экзархатом всей Руси, Острожской, Новгородской, Минской, Брестской, Витебской, Мстиславской, Оршанской, Могилевской, Холмской, Белзькой, Северской, Пинской, Туровской, а также епископ Каменец-Подольский».

В то же время вопрос о деятельности униатской миссии в России решался кроме каких-то тайных переговоров и на официальном уровне. Так, 22 мая 1908 года декретом Конгрегации Negotiis Ecclesiae Extraordinariis (по чрезвычайных церковных делах) священник Алексей Зерчанинов был назначен главой миссии для русских католиков восточного обряда. Этот декрет указывал на следующие его права:

1) «разрешать от прещений» связанных с ересями и расколами;

2) освящать домовые католические храмы восточного обряда;

3) освящать литургические сосуды и другую церковную утварь для католиков восточного обряда;

4) исповедовать верующих;

5) давать разрешение на употребление мяса во время Великого поста четыре раза в неделю при условии воздержания от мяса в Среду, Пятницу и Субботу.

В декрете также говорилось, что Зерчанинову необходимо «неуклонно соблюдать греко-славянский обряд во всей чистоте, не позволяя себе вводить какие-либо добавления латинского или иного обряда».

На правах примаса российских униатов в марте 1908 г. митрополит Шептицкий обратился с посланием к греко-католическому духовенству России по вопросам веры и обряда. Тексту сообщения предшествует гриф со словами: «Сообщается под строжайший секрет». Владыка Андрей назвал себя в послании «Божией Милостию и Святаго Апостольского Престола Благословением Смиренный Андрей (Русский) Митрополит греко-католических церквей в России». В то же время к клирикам-униатам он обращался словами «…православному духовенству своих богоспасаемых епархий».

Кроме привычных церковных постулатов о папском примате в Церкви, в указанной программе также есть конкретные постановления, которые должны регламентировать отношения греко-католических общин с православными:

…2) Православных христиан, находящихся во внешнем разрыве с означенною (т.е. Римской – авт.) кафедрой и игнорирующих Верховенство Св.Апостольского Престола или, по незнанию, без вины, отрицающих его, – не допускать к Таинствам. Во-первых, потому, что это может соблазнить признавших единство и других католиков, во-вторых, – потому, что означенные православные, имея своих священников, не нуждаются в этом. Впрочем, последнее не есть правило безусловное и не должно служить причиною удаления православных от нас – тогда мы бы сами теряли нашу цель, т.е. их присоединение, а потому, если – selcuso scandalo publicо – преподание таинств, или совершение треб и проч. может послужить для привлечения благочестивых душ в послушание Верховному Первосвященнику Римскому, то думаю, что в этом случае мы можем не отказывать приходящим к нам.

3) Православных, искренне признающих первенство и главенство Римского Первосвященника, можно допускать в общение, не требуя точного знания догматов, т.к. признавая авторитет Вселенского Пастыря, они тем самым в скрытом виде признают все католические догматы. Это правило относится только до мирян; от священников же должно требовать признания всех догматов.

4) При  принятии в церковное единство не требовать другого исповедания веры, кроме символа Никео-царерградского, в случае, когда все формулы исповедания веры, предписанного Урбаном VIII, непонятны в надлежащей мере, что у не-богословов обыкновенно можно предполагать. К исповеданию веры по Никео-цареградскому символу следует присоединить краткую формулу признания власти Вселенских Архиереев, напр. «Верую, исповедую, что римский Епископ есть наместником Св. апостола Петра, глава и учитель всей Вселенной и подчиняюсь его власти».