До часу приїзду Ісидора на територію Великої Русі там уже в цілому було відомо про Флорентійську унію і участь Київського митрополита в її укладанні, оскільки Авраамій Суздальський, який покинув його у Вільно, прибув в Москву 19 вересня 1440 року. Саме він міг повідомити Великому князю та руським ієрархам не тільки про характер укладення унії, але і про незадоволення нею як зі сторони деяких грецьких ієрархів, так і з боку католицьких прелатів Польщі та Литви. Не виключено, що у Василія ІІ могли бути і інші джерела інформації про Ферраро-Флорентійський собор, перш за все – дипломатичні.

3 березня 1441 року митрополит Ісидор прибув у Москву. Перед ним, як кардиналом і папським легатом, несли латинський хрест та інші атрибути його достоїнства, які йому дарував папа Євгеній IV. Незважаючи на це і знаючи про укладення унії, Ісидору дозволили звершити богослужіння в Успенському соборі московського Кремля. Швидше за все, в Москві хотіли зважено та розсудливо розібратися з тим, що відбулося, вислухати самого Ісидора і проаналізувати його позицію. Не виключено, що певний елемент «мандражу і хвилювання» все-таки мав місце, і в Кремлі ще не в повній мірі розуміли, як варто поводитись із митрополитом після усього, що трапилося.

Але все-таки минуло уже достатньо часу, щоб Москва відійшла від «шоку», який був зумовлений новиною – греки, які колись принесли на Русь Православ`я, тепер самі на чолі з Патріархом та імператором від нього відріклися. За богослужінням в Успенському соборі Ісидор замість Константинопольського Патріарха, як це було раніше, поминав на першому місці Папу Римського. Після служби за наказом митрополита був урочисто зачитаний орос Ферраро-Флорентійського собору. Ісидор також привіз буллу Євгенія IV, адресовану особисто Великому князю Василію ІІ, яка закликала його допомагати Ісидору в справі утвердження унії. Як наслідок, митрополит Іона зауважив, що «от римского папы писание» було «с его печатьми и с царевым клеймом». Тобто в Москві отримали прямі докази того, що візантійський імператор також брав участь в укладенні унії. Московський літописець повідомляв, що Великий князь після цих подій відмовився прийняти від Ісидора благословення. І «латынскым ересным прелестьником нарече его» і «вместо пастыря и учителя волком назва его», після чого наказав видворити його з митрополії «яко безумна прелестьника и отступника веры». Ісидор своїми діями повністю себе позиціонував як уніат, після чого Великий князь наказав ув`язнити кардинала в Чудовому монастирі.

Згідно з Єрмолинським літописом, ув’язненого Ісидора звинуватили як віровідступника Авраамій Суздальський і дяк Василій Карл, після чого з ініціативи Великого князя в Москві відбувся Собор, на який Василій ІІ скликав «своея земли епископы, архимандриты и игумены. И всех книжник», щоб розглянути «писание папино» і винести рішення щодо унії. В Москву на Собор Руської Церкви для розгляду справи митрополита-відступника приїхали 6 єпископів: Єфрем Ростовський, Авраамій Суздальський, Іона Рязанський, Варлаам Коломенський, Іов Сарайський і Герасим Пермський. Судячи з того, що в суді над Ісидором брав участь єпископ Авраамій, можемо зробити висновок, що Суздальський владика до того часу уже встиг принести покаяння за свою участь в укладенні унії і отримав прощення. Між учасниками Собору та Ісидором розвернулася дискусія щодо унії «…много превшеся с ним и упревше его от Божественных писаний».

В пізньому Никонівському літописі повідомляється, що після виступу Ісидора ніби «вси умлечаша, князи и бояре и инии мнози, еще же паче и епископы русския вси умлечаша, и воздремаша, и уснуша…», «…един же сей богомудрый христолюбивый государь великий князь Василий Васильевич позна Исидорову ересь пагубную, и скоро, обличив, посрами его…». Лише після цього «епископы русскии, иже быша тогда в то время на Москве, возбудишася, и князи, и бояре, и велможи и множество христиан тогда воспомянуша и разумеша законы греческия прежния и начаша глаголати святыми Писании и звати Исидора еретиком…». Однак немає ніяких підстав довіряти даному повідомленню літопису, який був створений уже при Василії ІІІ і явно мав за мету підкреслити загальну пасивність, показати виключну роль діда у відстоюванні Православ`я. Навпаки, тотожні Московському собору 1441 року джерела, хоча і наголошують на активній ролі Великого князя в осудженні Ісидора, тим не менше, не говорять про одноосібне осудження в Москві і Флорентійської унії, і причетного до неї митрополита.

Собор 1441 року, який відбувся у Москві, мав колосальне значення як для подальшої історії Руської Церкви, так і долі світового Православ`я. Руське духовенство, незважаючи на проблемність подій і необхідність болісного пошуку в них самостійного шляху для своєї Церкви, котра залишилася обезголовленою відступництвом Її Предстоятеля, не пішла за митрополитом-уніатом і зберегла вірність Православ`ю. Інакше, напевно, і бути не могло. Фактично п`ять століть, із самого початку Хрещення Русі, митрополити-греки переконували свою руську паству в тому, що Західна Церква відпала від Православ`я, видозмінила апостольське вчення, і, як стверджували візантійські ієрархи і богослови, спілкування з впалими у єресь латинянами бути не може. На Русі цю точку зору врешті повністю засвоїли і твердо визнали, що істинною вірою може вважатися лише православна. Цьому сприяли і історичні обставини Руської землі. Саме державно-політичне і культурне становлення Русі в домонгольський період було повністю основане на православній традиції. В період ординського нашестя саме Православна Церква стала основою духовного, а згодом і державно-політичного відродження Русі, її об`єднання навколо Москви. Такому розумінню ролі Православ`я в житті Русі сприяло і те, що головний політичний суперник Москви в ХV cтолітті – Литва – до того часу прийняла католицизм, і суперечка московських правителів з Великими князями Литовськими за спадок Київської Русі закономірно отримала релігійний відтінок. На Русі в унії не вбачали ніякого, навіть самого елементарного сенсу.

В ситуації, яка склалася, учасники Московського Собору 1441 року не могли не побачити особливого Промислу Божого: саме Руська Церква виявилася єдиною Помісною Церквою в світі, яка зберегла вірність Православ`ю. Тобто вся православна Ойкумена, з якої на той час випали всі Східні Патріархати, раптом зменшилась до масштабів однієї лише Русі. І хоча ще залишалася горстка афонських монахів, які не прийняли унії, і «впертий» Марк Ефеський зі своїми послідовниками, а в самій Візантії також було немало тих, хто відмовився стати уніатом, але як цілісна Помісна Церква вірність Православ`ю у єдності зберегла лише Руська митрополія. Сприйняти подібний факт означало абсолютно по-новому поглянути на себе і весь оточуючий світ, повністю переосмислити і переоцінити своє місце в ньому. Саме такий хід подій в подальшому став основою для дарування автокефалії Руській Церкві.

Цікаво порівняти ці два собори – Ферраро-Флорентійський і Московський. Один, у котрому, крім імператора, Константинопольського Патріарха і 22 грецьких митрополитів, брав участь Папа Римський, 11 кардиналів і 150 латинських єпископів, зібрався в блискучій ренесансній культурі Італії і з самого початку був гордо названий «ВСЕЛЕНСЬКИМ». Претендуючи на створення церковної єдності, на ділі він фактично здійснив спробу знищення православної традиції і утвердження папської влади в масштабі усієї Церкви. Ферраро-Флорентійський собор ніби як відображає міць католицького Заходу, в ногах якого в ролі приниженого прохача опинився оточений ісламом православний Схід, готовий купити допомогу західних «братів» ціною втрати своєї релігійної та культурної ідентичності. Майже одночасно на другому кінці Європи (а з точки зору Заходу – на її далеких околицях, а то і взагалі в Азії), у далекій від магістральних шляхів тодішньої світової політики, і здавалось би, не навченій богослов`ю Москві зібралося лише 6 руських єпископів (один з яких «вчорашній» уніат Авраамій Суздальський) та десятка півтора-два монахів. Вони спроміглися осудити не лише свого митрополита, який щойно торжествував перед лицем всієї Європи, який заслужив довіру імператора-уніата, милість папи і прямого претендента на Константинопольський патріарший престол.

Витончений ерудит і естет, чудовий політик, Ісидор, напевно, навіть уявити не міг, який «афронт» йому влаштує його руська паства, яку горді греки звикли вважати «безсловесним стадом», яким фіаско обернеться для нього його тріумф, коли 6 напівграмотних, з точки зору просвіченого візантійця, руських архієреїв, які прибули в Москву зі своїх «сірих куточків», і молодий великий князь вчинять над ним суд і тим самим в критичний для Православної Церкви момент зроблять все, щоб зберегти і відстояти її. Як наслідок вийшло, що вічно «презираемые и обвиняемые гордыми эллинами в невежестве» русичі змогли зробити те, що не вдалося самим грекам на Ферраро-Флорентійському соборі: відстояти Православ`я від спроби поглинути і змішати його у католицизмі. Засудження унії Східними Патріархатами в 1442 році, повернення Константинопольського Патріархату в Православ`я після взяття Царгорода османами в 1453 році – все це буде пізніше. А тоді, у 1441 році, Православ`я було збережене перш за все завдяки руському єпископату, чернецтву, духовенству і Великому князю Московському.

Подальші події повністю залежали як від Московського правителя, так і від єпископату, оскільки постало питання що «відступника-предстоятеля». Грецький ієрарх так і не покаявся в тому, що звершив, і не відмовився від унії. Цей факт підтверджує, що в основі уніатської діяльності митрополита-кардинала лежали його глибокі внутрішні переконання. Впертість Ісидора ставила русичів перед великим завданням: судити, зняти, а можливо, і взагалі стратити за відступництво самого Предстоятеля Церкви. Такого прецеденту на Русі ще не було. До того ж це автоматично призводило до повного розриву з Константинопольською Церквою-Матір`ю, до якої руська паства за майже як п`ять століть відносилася з глибокою вдячністю, вважаючи греків за своїх вчителів у православній вірі. Значну частину цих труднощів вирішив сам Ісидор. Провівши в ув’язненні у Московському Чудовому монастирі майже півроку, він 15 вересня 1441 року втік разом зі своїм учнем і архідияконом Григорієм у Твер, а «оттоля к Литве, да и к Крыму, к папе своему злочестью ко диаволу». Між тим є всі умови вважати, що самі московські судді Ісидора були не проти його втечі, так як він фактично вирішив їхню важку задачу: «а що з ним робити?».

Судити митрополита самостійно підвладні йому руські єпископи не мали повноважень, виходячи з канонів Православної Церкви. Це міг зробити лише Патріарх Константинопольський, зібравши для проведення суду собор єпископів. Але після Ферраро-Флорентійського собору на Константинопольську патріаршу кафедру був поставлений уніат Митрофан ІІ, митрополит Кизичеський. Тому патріарший суд над Ісидором був неможливий. Тим не менше, судити Ісидора самостійно, виходячи з того, що Руська Церква, зберігаючи вірність Православ`ю, поривала з уніатським Константинополем, руські єпископи, маючи на це повне право, все ж не ризикнули – це було би для них дуже сміливим і незвичним кроком.

Очевидно, що від`їзд Ісидора з Москви зовсім не був втечею з тюрми, що доказує аналіз зібрання рукописів митрополита, які після його смерті виявилися в складі Ватиканської бібліотеки. Як видно, Ісидор вивіз із Москви декілька грецьких кодексів, які раніше належали Фотію. Тому зовсім очевидно, що, залишаючи Москву з рукописами митрополичого зібрання, Ісидор не тільки був в стані безперешкодно звершити «втечу», але і в повній мірі до неї приготувався, маючи доступ, як мінімум, до бібліотеки руських митрополитів.